Het bos bestaat grotendeels uit loofbomen en wat naaldhout. Opvallend zijn de hulststruiken in de ondergroei. In het voorjaar bloeien er stinsenplanten, zoals sneeuwklokjes, krokussen en bosanemonen. Later in het jaar is er ook salomonszegel te vinden en in mei bloeit de meidoorn uitbundig. Op Stoutenburg zijn 66 vogelsoorten geteld, waaronder de boomvalk, ijsvogel, specht en bosuil.
